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Blacksite: Area 51 é um jogo de tiro em primeira pessoa baseado na liderança e trabalho em equipe. Tanto os elementos da jogabilidade quanto fatos ocorridos ao longo do jogo levam os personagens a um conflito moral, que é explorado de diversas formas.
Você assume o papel de Aeran Pierce, um comandante das forças especiais que deve conter uma invasão alienígena a uma cidadezinha no estado de Nevada, Estados Unidos. Para ajudá-lo, Pierce tem dois soldados subordinados, Cody Grayson e Mitchell Ambrose, um matador implacável e um soldado idealista que se atém a ordens, respectivamente.
O grande diferencial do game é a necessidade de utilizar sua equipe de forma tática através de ordens como arrombar portas ou dar cobertura. Os soldados subordinados cumprem suas ordens, entretanto, eles são tomados pela desilusão ideológica, desânimo e fadiga caso o jogador não seja um líder responsável.
As modalidades multiplayer online incluem os clássicos Death-Match, Team Death-Match e Capture-the-Flag, além dos modos Human vs. Reborn e Siege (modalidade na qual o jogador deve capturar os membros do esquadrão inimigo).